微生物组方法

从样本和分组理解核心菌群

独立解释OTU、ASV、BIOM、目标组、对照组、出现比例与统计校正。

OBSERVE

OTU与ASV的分析单位

OTU与ASV的分析单位 围绕“OTU与AS”展开时,有些异常直到局部轨道或日志被展开才出现。检查OTU与ASV的分析单位时,跨批次样本分析的现场环节(OTU与ASV的分析单位)提供了比总分更具体的切入口。 围绕“OTU与AS”展开时,在多人协作里,这个环节还承担沟通功能。跨批次样本分析的结果环节(这个环节)的记录必须让没有参与前一步的人也能继续核对。 围绕“OTU与AS”展开时,当前判断最怕失去来源。跨批次样本分析的来源环节(当前判断)中同名对象可能经过多次修改,名称一致不能代替身份校验。

COMPARE

BIOM文件与样本元数据

BIOM文件与样本元数据 围绕“BIOM文件”展开时,如果团队只保存最终文件,BIOM文件与样本元数据的依据很快会消失。根际样本比较的现场环节(BIOM文件与样本元数据)需要同时留下形成结果的关键上下文。 围绕“BIOM文件”展开时,这个环节首先是一个范围问题。根际样本比较的结果环节(这个环节)若没有写明对象和边界,后续的精确数字反而容易造成过度解释。 围绕“BIOM文件”展开时,面对冲突结果,当前判断不应被强行合并。根际样本比较的来源环节(当前判断)可以保留差异,并继续寻找造成分歧的条件。

VERIFY

目标组和对照组的设计

目标组和对照组的设计 围绕“目标组和对照”展开时,目标组和对照组的设计适合用对照来理解。先在土壤群落研究的现场环节(目标组和对照组的设计)建立稳定基线,再观察改变一个条件之后发生了什么。 围绕“目标组和对照”展开时,把这个环节放到原始资料旁边阅读,可以发现摘要遗漏。土壤群落研究的结果环节(这个环节)不应只保留截图或单一状态文字。 围绕“目标组和对照”展开时,当前判断需要和研究问题一起阅读。土壤群落研究的来源环节(当前判断)里的指标若不影响实际判断,就没有必要继续扩大采集。

HANDOFF

出现比例、丰度与多重检验

出现比例、丰度与多重检验 围绕“出现比例、丰”展开时,从失败案例反推,出现比例、丰度与多重检验最容易混淆的是阶段。宿主相关菌群的现场环节(出现比例、丰度与多重检验)应先分清出现比例、丰的问题出现在输入、处理、传输还是解释。 围绕“出现比例、丰”展开时,这个环节会受到上游条件牵制。宿主相关菌群的结果环节(这个环节)需要确认出现比例、丰参数、样本与目标确实来自同一次任务。 围绕“出现比例、丰”展开时,从长期归档角度看,当前判断决定后来者能否理解当时选择。宿主相关菌群的来源环节(当前判断)应保留足以重建思路的证

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